机关档案的分类应遵循机关文件材料形成的客观规律，保持机关文件材料归档工作的成果及其与机关档案工作的自然联系。现行机关档案分类的层次一般为二到三层，每一层次必须使用一个划分原则，不得交叉使用多个划分原则：
1、第一层次。应以机关档案的门类（载体）为划分原则确定机关档案的大类。即将本机关所有的档案按不同的档案门类和载体划分为文书档案、科技档案和若干专门档案（包括特殊载体的专门档案）。
2、 第二、三层次。每一大类（机关档案门类）内以各类档案的立卷特征为划分原则，分别进行分类。如文书档案类内可按本机关文件材料归档时使用的分类法（年度 --机构（问题）--保管期限或保管期限--年度--机构（问题））为划分原则设定类别；科技档案类内应按问题原则分为基建、设备、产品和科研四个类；会 计档案先按会计项目分类，然后按年度--会计文件的名称（形式）分别分为报表、帐册、凭证三个类；照片档案和磁性载体档案按年度--问题设类，等等。
1、第一层次。应以机关档案的门类（载体）为划分原则确定机关档案的大类。即将本机关所有的档案按不同的档案门类和载体划分为文书档案、科技档案和若干专门档案（包括特殊载体的专门档案）。
2、 第二、三层次。每一大类（机关档案门类）内以各类档案的立卷特征为划分原则，分别进行分类。如文书档案类内可按本机关文件材料归档时使用的分类法（年度 --机构（问题）--保管期限或保管期限--年度--机构（问题））为划分原则设定类别；科技档案类内应按问题原则分为基建、设备、产品和科研四个类；会 计档案先按会计项目分类，然后按年度--会计文件的名称（形式）分别分为报表、帐册、凭证三个类；照片档案和磁性载体档案按年度--问题设类，等等。